Yunus Emre’ye göre din; insanlığı mutluluğa, barışa ve huzura kavuşturan bir yaşam tarzını benimsemektir. Yunus Emre’nin din anlayışında sevgi ve aşk vardır. Tüm yaşamı bu sevgi, aşk ve hoşgörü çerçevesinde yaşayarak geçirmek şüphesiz mutluluğun en etkili yollarındandır. Şekilci dindarlığa, gösteriş için yapılan ibadetlere, dine körü körüne bağlanan sözde Müslüman geçinen kimselerin dinine karşı çıkar. Onun için ibadet, kişinin Tanrı ile arasında olan bir sırdır. Bu sırrı kimse sorgulamamalıdır. Din aynı zamanda vicdan barındırır. Vicdan, şefkat, merhamet gibi duyguların bulunması gerektiğini savunur.

Tasavvuftaki nihai hedefi, ilahi aşka ulaşmaktır. İlahi öze ulaşmak için bazı mertebelerden geçilmesi gerektiğini savunan Yunus, bu mertebelerin sırasıyla; şeriat, tarikat, marifet ve hakikat olduğunu söyler. Yunus, marifet makamını bir ilim olarak görür. O, bu ilmi manevi bir ilim olarak değerlendirmekte ve kalplerde gizli olduğunu savunmaktadır. Ona göre derviş, maddiyata önem vermemeli, dünyalık işlerle meşgul olmamalı, mütevazı olmalıdır.